Cuando la Iglesia obtuvo algo de libertad en Francia, el P. Balley, párroco de Ecculy, abrió una pequeña escuela para jóvenes con inquietudes vocacionales. Juan logró ingresar, pero debido a su dificultad para los estudios, estuvo a punto de renunciar. En consecuencia, el sacerdote le sugirió que hiciera un peregrinaje al Santuario de San Francisco de Regis y así lo hizo. El santo regresó renovado.
3. Desertó del ejército
Napoleón quería conquistar toda Europa y Juan fue llamado al ejército porque no aparecía en la relación de ningún seminario. Cayó gravemente enfermo y, cuando recuperó la salud, fue en busca de su regimiento que ya se había marchado, pero en el camino volvió a enfermar. Buscó refugio por varios días y se dio cuenta que, sin querer, se había convertido en un desertor.