San Felipe nació en la ciudad de México el año de 1572 y fue hijo de inmigrantes españoles. De pequeño fue un niño inquieto y travieso, poniendo en aprietos tanto a sus padres como familiares cercanos, quienes a veces no veían con buenos ojos las travesuras del santo.

Ya adolescente decidió ingresar al noviciado de los franciscanos, pero no pudo resistir la austeridad y severidad de las reglas del convento, escapándose de él y regresando a la casa paterna. Ejerció uno años el oficio de platero, pero como las ganancias eran muy pocas, su padre decidió enviarlo a las Islas Filipinas a probar fortuna.

Felipe llegó a la ciudad de Manila donde gozó del imperio de artes, riquezas y placees que ofrecía dicha ciudad; sin embargo la angustia, el vacío y el sin sentido de su propia vida golpeaban su corazón constantemente, y en medio de aquel doloroso vacío volvió a oír muy tenue la llamada de Cristo: "Si quieres venir en pos de mí, renuncia a ti mismo, toma tu cruz y sígueme"(Mt.16.24).

Felipe dio un si generoso al llamado de Cristo, ingresó a la orden de los Franciscanos en Manila, y empezó su proceso de conversión. Se entregó a la oración, a los estudios y a la ayuda caritativa y servicial con los hermanos más necesitados y enfermos. Luego de varios años, fue ordenado sacerdote en México en compañía de sus padres y amigos.

Posteriormente, se embarco junto con Fray Juan Pobre y otros franciscanos rumbo a la Nueva España, pero una gran tempestad arrojó la embarcación a las costas del Japón, donde Fray Pedro Bautista y algunos hermanos franciscanos realizaban un arduo trabajo evangelizador. El santo se sintió muy feliz de este cambio de destino, pues era consciente de que era una instancia poderosa para reforzar su "Sí" al Señor en su entrega para la conversión de los japoneses de aquel lugar.

Los esfuerzos del santo y de sus hermanos dieron abundantes frutos; sin embargo, estalló la persecución de Taicosama contra los franciscanos y los catequistas. El santo por su calidad de náufrago, hubiera podido evitar honrosamente la prisión y los tormentos como lo habían hecho Fray Juan Pobre y sus compañeros de naufragio pero San Felipe rechazó a esa oportunidad, y decidió abrazar del todo la cruz d Cristo, permaneciendo pues hasta el último suplicio a Pedro Bautista y demás misioneros franciscanos que desde hacía años evangelizaban el Japón.

San Felipe juntamente con ellos fue llevado en procesión por algunas de las principales ciudades para que se burlaran de él. Sufrió pacientemente que le cortaran, como a todos los demás, una oreja y, finalmente en Nagasaki, en compañía de otros veintiún franciscanos, 5 de la Primera Orden y 15 de la Tercera Orden, además de tres jóvenes jesuitas, abrazó la Cruz de la cual fue colgado, suspendido mediante una argolla y atravesado por dos lanzas.

El santo fue el primero en morir un 5 de febrero de 1597 en medio de todos aquellos gloriosos mártires. Sus últimas palabras fueron: " Jesús, Jesús, Jesús".

Fue beatificado con sus compañeros de martirio, el 14 de septiembre de 1627, y el 8 de junio de 1862 fue canonizado.

San Felipe, el joven que se convirtió de corazón hasta dar la vida por Cristo, ha sido declarado patrono de la ciudad de México y del arzobispado.