En 1540 el Papa Pablo III aprobó su comunidad llamada "Compañía de Jesús" o "Jesuitas". El Superior General de la nueva comunidad fue San Ignacio hasta su muerte.
En Roma pasó todo el resto de su vida.
Era tanto el deseo que tenía de salvar almas que exclamaba: "Estaría dispuesto a perder todo lo que tengo, y hasta que se acabara mi comunidad, con tal de salvar el alma de un pecador".
Fundó casas de su congregación en España y Portugal. Envió a San Francisco Javier a evangelizar el Asia. De los jesuitas que envió a Inglaterra, 22 murieron martirizados por los protestantes. Sus dos grandes amigos Laínez y Salmerón fueron famosos sabios que dirigieron el Concilio de Trento. A San Pedro Canisio lo envió a Alemania y este santo llegó a ser el más célebre catequista de aquél país. Recibió como religioso jesuita a San Francisco de Borja que era rico político, gobernador, en España. San Ignacio escribió más de 6 mil cartas dando consejos espirituales.
El Colegio que San Ignacio fundó en Roma llegó a ser modelo en el cual se inspiraron muchísimos colegios más y ahora se ha convertido en la célebre Universidad Gregoriana. Los jesuitas fundados por San Ignacio llegaron a ser los más sabios adversarios de los protestantes y combatieron y detuvieron en todas partes al protestantismo. Les recomendaba que tuvieran mansedumbre y gran respeto hacia el adversario pero que se presentaran muy instruidos para combatirlos. El deseaba que el apóstol católico fuera muy instruido.
El libro más famoso de San Ignacio se titula: "Ejercicios Espirituales" y es lo mejor que se ha escrito acerca de cómo hacer bien los santos ejercicios. En todo el mundo es leído y practicado este maravilloso libro. Duró 15 años escribiéndolo.
Su lema era: "Todo para mayor gloria de Dios". Y a ello dirigía todas sus acciones, palabras y pensamientos: A que Dios fuera más conocido, más amado y mejor obedecido.
En los 15 años que San Ignacio dirigió a la Compañía de Jesús, esta pasó de siete socios a más de mil. A todos y cada uno trataba de formarlos muy bien espiritualmente.
Como casi cada año se enfermaba y después volvía a obtener la curación, cuando le vino la última enfermedad nadie se imaginó que se iba a morir, y murió súbitamente el 31 de julio de 1556 a la edad de 65 años.
En 1622 el Papa lo declaró Santo y después Pío XI lo declaró Patrono de los Ejercicios Espirituales en todo el mundo. Su comunidad de Jesuitas es la más numerosa en la Iglesia Católica.