En mayo de 1148 el Pontífice volvió a Italia y excomulgó a Arnoldo de Brescia -sacerdote con pretensiones reformadoras, pero contagiado de las posiciones erróneas de su maestro, el controvertido filósofo Pedro Abelardo-. Brescia encabezó un movimiento cismático.
Ya el Papa Eugenio había combatido en diversas oportunidades distintos intentos por abolir la jerarquía eclesial y construir una iglesia de "puros", de "no contaminados" con los evidentes errores o pecados de muchos miembros del clero.
El Papa Eugenio, además, tuvo que aliviar a lo largo de su pontificado numerosas tensiones políticas -generadas por las luchas de poder entre los reinos de Italia-, las que solo amainaban cuando los poderosos coincidían en la animadversión al poder papal, tanto espiritual como temporal.
San Bernardo, consciente de la dureza de las batallas que el Papa libraba, dedicó al Sumo Pontífice su tratado ascético "De Consideratione", donde afirmaba que el Papa tenía como principal deber atender los asuntos espirituales y que no debía dejarse distraer demasiado por asuntos que corresponden a otros fueros.