Juan fue un gran predicador, pero por sobre todo, un pastor al servicio de sus ovejas. Solía confesar por largas horas, llevar la comunión a los enfermos y atender cariñosamente a quienes buscaban consejo. Fue también un hombre desprendido. Siendo obispo, en una ocasión, vendió el mobiliario y la loza de su propio comedor para asistir a unas familias en necesidad.
En 1568, el Papa le confirió el título de Patriarca de Antioquía (entre finales del siglo XVI e inicios del XVII), y dos meses después le encargó el Arzobispado de Valencia. En esa sede española trabajó durante 42 años ininterrumpidamente, hasta su muerte, concentrándose a la par en la defensa de la fe cristiana frente a la influencia morisca.
Escribió varias obras, entre las que destaca el Manuale Valentinum (1592). Entre 1569 y 1610, realizó un número impresionante de visitas o acciones pastorales: dos mil setecientas quince. Con los registros escritos de aquellas visitas se llenaron 91 volúmenes de actas, las que se conservan hasta hoy.
Además, como para no dejar dudas de su celo pastoral y de su alma cuidadosa, organizó hasta siete Sínodos arzobispales con sus párrocos y sacerdotes. En esas reuniones se esforzó siempre por encontrar las mejores respuestas a las necesidades de las almas que Dios le había confiado.