Una investigación realizada por ACI Prensa descubrió que en el año 2009 la Superintendencia Nacional de los Registros Públicos (SUNARP), tachó la inscripción de la elección de Marcial Rubio como rector de la ahora ex Pontificia Universidad Católica del Perú (ex PUCP), debido a irregularidades "insubsanables" halladas en la documentación.
El 11 de diciembre de 2009, la SUNARP emitió una Anotación de Tacha contra el título que presentó el centro de estudios debido a que adolecía "de defecto insubsanable", es decir, fallas que ya no se podían corregir en los documentos presentados sobre los comicios del 6 de julio de 2009, donde salió elegido Rubio.
Entre las irregularidades destacan que el acto se realizó "sin la intervención del Comité Electoral Universitario previsto en el Art. 76º del Estatuto".