Además del recinto fabril dedicado a la confección de panas y terciopelos, en la Colonia Güell existía también un puñado de casas que daban cobijo a los obreros, el médico o la parroquia y gran variedad de instalaciones consagradas a todos los servicios necesarios para 1.200 obreros, tales como un dispensario, un campo de deportes, una escuela, una sociedad teatral o una biblioteca. El servicio religioso se celebraba en la capilla de la vecina masía Can Soler que se quedó pequeña cuando aumentó la colonia por lo que, en 1898, Güell encargó a Gaudí la construcción de una nueva iglesia que el arquitecto dispuso en lo alto de un promontorio, visible desde cualquier punto de la colonia.

La iglesia no comenzó a construirse hasta 1908 porque Gaudí utilizó en el proyecto un nuevo sistema de cálculo que hacía posible determinar la forma de una estructura espacial sin ayuda de fórmulas matemáticas. Para definir la forma de cada uno de los arcos se utilizó la curva dibujada por una cadena suspendida por ambos extremos, de la que pendían cargas proporcionales a las que debía sostener el arco una vez construido. La imagen de esta estructura reflejada en un espejo dibuja el alzado de la construcción proyectada.Hasta el año 1916 solamente se construyó la cripta; un año más tarde, las obras se detuvieron y la parte superior quedó sin construir. A pesar de que el edificio no está acabado, la importancia de su resolución arquitectónica lo convierte en uno de los más emblemáticos de la obra gaudiniana.

La cripta de la Colonia Güell, vista desde el exterior, destaca por su pórtico a manera de porche que integra su estructura a la naturaleza circundante, compuesta básicamente por pinos. Este porche se encuentra ante la puerta de acceso y rodea una serie de pilares inclinados, de ladrillo y de piedra de basalto, que sostienen arcos poligonales. Las directrices de estos arcos también configuran una serie de bóvedas convexas de paraboloides hiperbólicos, algunas de ellas con una decoración cerámica de evidente simbología religiosa. Cabe precisar que dichas estructuras concentran la presión del edificio y evitan los muros de carga (propios de las construcciones tradicionales), una innovación arquitectónica que Gaudí aplicó posteriormente en otros edificios. La planta es poligonal estrellada. En su interior, los pilares son de fábrica de ladrillo y basalto y están situados en torno al altar centralizado que proyectó Jujol. Diversos vitrales de sugestivos cromatismos así como el mobiliario, consistente en un conjunto de bancos cuyo diseño alude claramente al mundo animal, completan el interior.

La cripta fue consagrada en el año 1915 y ofreció servicios religiosos hasta 1936, momento en que fue asaltada y resultó deteriorada. En dicho ataque perdió su vida el sacerdote y se destruyeron gran parte de los bancos, vitrales y altares, entre otras piezas. Los bancos destrozados durante el ataque fueron reproducidos por el taller de carpintería Gurt de Barcelona en 1960 y los vitrales fueron reinstalados en 1980 por la casa Oriach de la misma ciudad. Para substituir el altar central de Jujol, el norteamericano Peter Hardn realizó uno nuevo en el año 1965, es el que puede contemplarse en la actualidad.En el año 1943 los herederos de Güell vendieron la colonia a la familia Beltrand i Serra, que clausuró la producción textil en 1973 y la vendió en el año 1984 al Consorcio de la Colonia Güell, integrado por la Universidad de Barcelona, la Diputación de Barcelona y el Consejo Comarcal del Baix Llobregat.
La cripta de la Colònia Güell fue declarada Patrimonio Mundial por la UNESCO en el año 1985 y Monumento histórico-artístico de Interés Nacional en 1990.